Perjuangan Belo mendapat simpati Paus di Roma. Paus akhirnya mengunjungi Timor Timur pada akhir 1980-an.
Selain itu karena perjuangannya itu, Uskup Belo dianugerahi Hadiah Nobel Perdamaian pada 1996 bersama politikus Timor yang saat itu diasingkan, Ramos Horta.
Namun pada 26 November 2002, Uskup Belo tiba-tiba mengundurkan diri sebagai kepala gereja di Timor Timur.
Vatikan tidak memberikan penjelasan mengapa Belo mengundurkan diri sebagai kepala gereja Katolik Roma di Timor Leste dua dekade lebih awal, pada tahun 2002, dan dikirim ke Mozambik di mana ia diizinkan untuk bekerja dengan anak-anak.
Namun belakangan pengunduran diri Uskup Belo itu disebut didasari oleh alasan kesehatan. Uskup Belo mengatakan bahwa dia menderita 'kelelahan fisik dan mental'.
Pada Januari 2003, Belo meninggalkan Timor-Leste dan pindah ke Portugal. Di sana, dia tinggal bersama Salesian, sebuah ordo religius yang ia ikuti sebelum diangkat menjadi uskup.
Menurut De Groene Amsterdammer, Uskup Ximenes Belo berada di bawah pembatasan perjalanan yang diberlakukan Vatikan dan tidak dapat kembali ke Timor Timur tanpa izin.***