Pada April 2023, almarhumah sempat menelpon kakaknya dan memberitahukan bahwa dia menderita sakit lambung. Karena itu, kakaknya menyarankan agar dia pulang ke Indonesia.
Akan tetapi, almarhumah mengaku sudah diurus oleh majikannya dengan diantar ke rumah sakit dan mendapatkan perawatan. Namun setelah itu, Agnes hilang kontak dengan keluarga di kampung halamannya.
Sekitar akhir Mei 2023, kakak almarhumah baru bisa melakukan kontak dengan sang adik. Kala itu, Agnes mengatakan bahwa ia akan pergi ke Kantor Kedutaan Besar Republik Indonesia (Kedubes RI) di Malaysia karena merasa tidak sanggup lagi menanggung sakit yang dialaminya.
Pada 3 Juni 2023 sekitar pukul 04.00 waktu setempat, petugas Kantor Kedubes RI di Malaysia menghubungi pihak keluarga melalui sambungan video call, karena almarhumah ingin berbicara dengan keluarganya.
Saat video call, almarhumah menceriterakan bahwa ia berada di Kantor Kedubes RI, diantar oleh seseorang yang identitasnya tidak diketahui oleh keluarga.
Sekitar pukul 07.00 waktu Malaysia, keluarga mendapat kabar dari petugas di Kantor Kedubes RI di Malaysia bahwa Agnes Peni Muda telah meninggal dunia di kantor yang berpusat di Kuala Lumpur tersebut. Hingga saat ini, jenazah almarhum masih berada di Kantor Kedubes RI di Malaysia.